Ingénieur F/H en bioinformatique structurale

Ce recrutement s’inscrit dans le cadre du projet intitulé ORIGAMI « Conception rationnelle d’oligonucléotides simple brin functionnels par rempliement inversé pour des applications biotechnologiques », financé par le Programme de Prématuration du Pôle Universitaire d’Innovation de l’Alliance Sorbonne Université.

Mission

La personne recrutée participera à l’activité de recherche sur le développement d’un workflow numérique pour le repliement inverse des oligonucléotides simple brin.

Activités

• Modélisation moléculaire in silico

• Modélisation stochastique

• Optimisation de protocoles in silico

• Codage

• Recherche bibliographique

Contexte

Les acides nucléiques simple brin (ssNAs), un outil biotechnologique très puissant, sont capables de reconnaitre spécifiquement et sélectivement des molécules grâce aux structures 3D qu'ils adoptent. Donc, la conception de ssNAs à visée thérapeutique ou diagnostique nécessite la définition de l'ensemble des séquences de ssNAs qui se replient en une structure cible (repliement inverse). Des outils numériques de repliement inverse existent, mais ils se bornent à fournir peu de résultats, sans les assortir d'une mesure de la qualité de la séquence fournie et se focalisent sur la structure 2D. Nous fournirons une procédure complète et généralisable, accessible via un web serveur, combinant des méthodes numériques et computationnelles et des validations expérimentales pour concevoir des séquences de ssNAs ayant une structure 3D et une fonction souhaitées. La première application visera la conception de ssNAs, brevetables, pour le diagnostic de la maladie de Lyme.

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

Dates pour candidater

Du 16/03/2026 au 15/04/2026

Type de contrat et date prévisionnelle de recrutement

Contrat à durée déterminée prévue de 13 mois et jusqu’au 30/09/2027 au plus tard

Salaire mensuel brut

Selon expérience et financement

Volume horaire

37 heures et 30 minutes par semaine - 1 607 heures par an

Environnement et contexte de travail

La personne recrutée intègrera l’unité CNRS UMR 7025 Génie Enzymatique et Cellulaire (GEC) - département génie biologique (GB) et travaillera en collaboration avec le Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne (LMAC).

Elle rendra compte au responsable du projet, entretiendra un dialogue régulier avec celui-ci et une collaboration étroite avec l’ensemble des interlocuteurs concernés.

Une station de travail adaptée pour des travaux de bionformatique sera à disposition de la personne recrutée.

Diplôme, formation et habilitation

Diplôme : Master 2

Domaine : bioinformatique, mathématiques appliquées

Compétences

• Modélisation stochastique/ machine learning

• Modélisation moléculaire

• Anglais niveau B2 minimum

• Programmation (python)