Enseignant-chercheur contractuel F/H bioinformatique et intelligence artificielle

Mission en enseignement

La personne recrutée apportera son expertise à la formation initiale des élèves ingénieurs et des étudiants en master :

• Intervenir dans les enseignements dans les domaines suivants :

• Bioinformatique,

• Méthodes d’apprentissage automatique et reconnaissance de motifs,

• Intelligence artificielle appliquée à la biologie, notamment à la nutrition et la sécurité alimentaire.

• Développer et enseigner des écoles d’été thématiques en bioinformatique.

La personne recrutée participera à l’ingénierie pédagogique et au développement des enseignements. Plus spécifiquement, il est attendu qu’elle participe à enrichir l’offre d’enseignement dispensé en anglais.

Elle sera amenée à réfléchir à l’évolution des enseignements en tronc commun, en branche et en master pour faire évoluer l’offre de formation de l’UTC en intelligence artificielle appliquée à la biologie et en bioinformatique.

Mission en recherche

Les missions de recherche s’inscrivent dans un des axes stratégiques du laboratoire GEC portant sur les technologies génomiques et post-génomiques et le développement de l’intelligence artificielle appliquée aux sciences du vivant, notamment dans les domaines de la nutrition personnalisée, de la qualité et sécurité alimentaire et de la santé :

• Développer et expérimenter des modèles d’intelligence artificielle appliqués à l’analyse de données post-génomiques, métabolomiques et microbiotiques issues des projets du GEC et de l’Alliance Sorbonne Université, notamment l’Institut Global de la Santé entre autres.

• Piloter la mise en œuvre de cadres méthodologiques intégrés (machine learning, réseaux multi-omics, IA générative) pour l’analyse des interactions génotype–phénotype–environnement.

• Participer à la rédaction de réponses à appel à projets de recherche, dont notamment ceux de la commission européenne (Horizon Europe).

La personne recrutée devra contribuer activement au développement et à l’animation scientifique d’un des quatre nouveaux centres interdisciplinaires thématiques de recherche de manière transverse à l’ensemble des laboratoires de recherche de l’UTC. Ces centres ont vocation à devenir distinctifs, visibles et attractifs, capables de structurer des consortia, d’attirer des partenaires publics et privés, et de préparer des réponses coordonnées aux appels à projets nationaux et européens. Le centre visé ici est le centre : IA et systèmes technologiques.

La personne recrutée devra enfin créer des ponts concrets entre ce centre de recherche interdisciplinaire de l’UTC et le programme de recherche PostGenAI@Paris, dont l’UTC est l’un des partenaires, programme hébergé dans le Sorbonne Cluster for Artificial Intelligence (SCAI) de l’Alliance Sorbonne Université dont l’UTC est membre fondateur.

Valorisation et partenariats

• Identifier et initier des coopérations industrielles dans les domaines de l’IA appliquée, de la bioinformatique et du machine learning, en particulier dans les secteurs agroalimentaire, biotechnologique et de la santé.

• Renforcer les liens nationaux en Région Hauts-de-France, au sein du groupe UT et de l’Alliance Sorbonne université ainsi que les liens internationaux de l’UTC, en explorant des dispositifs de financement de stages et de cotutelle doctorale de projets bilatéraux avec des institutions partenaires.

Informations complémentaires

Activités complémentaires

Participer à la mise en oeuvre du schéma directeur Développement Durable & Responsabilité Sociétale et Environnementale - DD&RSE.

Moyens

La personne recrutée disposera de l’ensemble des moyens nécessaires à l’exercice de ses missions : bureau, matériel informatique, accès aux ressources numériques institutionnelles et possibilité d’acquisition de supports pédagogiques et scientifiques (ouvrages, logiciels, licences, etc.).

Elle bénéficiera de l’environnement scientifique du laboratoire GEC (UMR CNRS 7025), de ses plateformes analytiques, dont la plateforme Sciences des aliments et la plateforme de bioinformatique. De plus, en 2026, l’UTC va se doter d’une infrastructure de calcul et de stockage scientifique de haut niveau, comprenant un nœud de calcul HPC à haute capacité mémoire et GPU, ainsi qu’une infrastructure de stockage RAIDée, modulaire et évolutive, spécifiquement dimensionnées pour les recherches en bioinformatique, intelligence artificielle et sciences des données. Ces équipements permettront notamment le traitement de données massives multi-omiques, l’exploitation de pipelines bioinformatiques intensifs, le développement de modèles d’IA et d’apprentissage profond, l’analyse d’images biologiques et le déploiement de projets interdisciplinaires à grande échelle.

À terme, une prochaine possibilité d’emploi (sur financement ou sur support permanent), sur la même thématique est à l’étude et pourrait permettre une collaboration inscrite dans la durée.

L’établissement

L'Université de technologie de Compiègne (UTC), membre de l’Alliance Sorbonne Université (ASU) et du réseau des universités de technologie, figure parmi les premières écoles d'ingénieur dans de nombreux classements nationaux et offre un cadre privilégié pour l'enseignement et la recherche.

www.utc.fr

Le département

Parmi les 6 départements de l’UTC, le département Génie Biologique dispense des enseignements :

• en tronc commun (cycle préparatoire intégré) ;

• en branche (cycle ingénieur : formation initiale et formation continue) ;

• en 3ème cycle (master et doctorat).

L’offre de formation du département Génie Biologique porte sur les technologies relatives aux dispositifs médicaux, les biotechnologies, les innovations alimentaires et les agro-ressources.

Il héberge les laboratoires Biomécanique et Bioingénierie (BMBI UMR CNRS 7338) et Génie Enzymatique et Cellulaire (GEC UMR CNRS 7025).

Il entretient des relations solides avec l’industrie tant en formation, dans le cadre des stages étudiants (assistant ingénieur, ingénieur, master, ...) qu’en recherche (projets de recherche partenariale).

Il cultive également des liens étroits avec des institutions nationales et internationales dans le cadre de la formation (conventions d’échange d’étudiants à l’international par ex.) et de la recherche (collaborations en recherche par ex.).

https://www.utc.fr/formations/diplome-dingenieur/genie-biologique-gb/

Le laboratoire

Le Laboratoire de Génie Enzymatique et Cellulaire (GEC) est une unité mixte de recherche associée au CNRS – UMR 7025 - au sein de l’Institut CNRS Biologie. L’unité GEC est bilocalisée, entre Compiègne (UTC) et Amiens (UPJV). L’unité compte 19 enseignants-chercheurs et chercheurs et 16 agents support technique (ingénieurs, assistants ingénieurs, techniciens).

L’unité GEC dispose d’une expertise en biotechnologie nationalement et internationalement reconnue. Les activités de recherche qui y sont développées visent à comprendre et à maîtriser le vivant par différentes approches, parmi lesquelles les approches de dynamique moléculaire, de simulation, et de décryptage, supportées par l’intelligence artificielle. Les champs d’études sont vastes : l’expertise de l’unité s’étend sur tous les modèles biologiques qu’ils soient de nature végétale, animale, fongique et bactérienne et couvre un éventail moléculaire large, de complexité variée. Les travaux s’appuient sur des plateformes et des plateaux techniques disposant d’équipements de pointe.

https://gec-upjv.utc.fr/

Type de contrat et date prévisionnelle de recrutement

Contrat à durée déterminée, durée prévue de 18 mois, à pourvoir en juin 2026. Renouvelable, sous réserve de financement.

Salaire mensuel brut

De 3 000 € à 6 000 € selon expérience et financement

Dates pour candidater

Du 06/03/2026 au 07/04/2026

Contacts

Frederic Lamarque, directeur à la recherche de l’UTC

frederic.lamarque@utc.fr

Sofiane Boudaoud, directeur du département génie biologique

sofiane.boudaoud@utc.fr

Bérangère Bihan-Avalle, directrice du laboratoire GEC

berangere.avalle@utc.fr

Profil et mots-clés

Profil : bioinformatique et intelligence artificielle

Mots-clés : bioinformatique, intelligence artificielle, génomique fonctionnelle, sciences des données.

Diplôme, formation

Enseignant(e)-chercheur(euse) confirmé(e), titulaire d’un doctorat spécialisé en bioinformatique, intelligence artificielle, génomique fonctionnelle ou sciences des données, disposant d’une expérience reconnue dans le pilotage de projets européens et internationaux.

Le/la candidat(e) justifie d’une expertise solide en approches multi-omiques, en IA appliquée aux sciences du vivant, ainsi que d’une maîtrise des environnements logiciels et plateformes de bioinformatique.

Il/elle possède une forte capacité à évoluer dans des environnements interdisciplinaires, à encadrer des équipes et doctorants, et à structurer des dynamiques collaboratives scientifiques.

Le/la candidat(e) possède une expertise avérée en création de contenus pédagogiques, en suivi/encadrements d’étudiants et en responsabilité pédagogique (cours, parcours master, etc…).

Une expérience internationale avérée, une culture de la recherche partenariale, une pratique de la recherche appliquée en lien avec le monde socio-économique, ainsi qu’une sensibilité aux enjeux de durabilité sont fortement appréciées.

Le/la candidat(e) fait preuve d’ouverture, d’adaptabilité et de leadership scientifique, et est en capacité d’initier, structurer et renforcer des coopérations scientifiques et technologiques nationales et internationales.

La maîtrise courante de l’anglais est indispensable.